В 1941 г. после начала Великой Отечественной войны Ярославское отделение Союза советских писателей передало все свои дела Лисянскому, а бывший ответственный секретарь отделения В.А. Смирнов был призван в армию. Но и сам Лисянский пробыл в новой должности несколько дней, а затем ушел добровольцем на фронт. Его назначили командиром сапёрного взвода сформированной в Ярославле 243-й стрелковой дивизии, которая 16 июля 1941 отбыла на Западный фронт.
Выгрузившись на станции Гладкий Лог, дивизия преодолела за неделю пешим ходом двести километров, и 28 июля приняла свой первый бой в районе села Ильино на берегу Западной Двины. Это «крещение огнем» Марк Лисянский запомнил на всю жизнь и позже посвятил ему стихотворение «Западная Двина», написанное в 1970 г. Бои за село Ильино продолжались четверо суток, в медсанбат за день поступало до 300 раненых, под огнем вражеских пулеметов погиб комиссар дивизии Д.А. Борский - но село было взято. Развивая наступление, бойцы форсировали Западную Двину, однако командование армии решило, что сил удержать новый плацдарм ярославцам не хватит, и приказало отойти на 20-30 километров. После этого дивизия заняла оборону в районе Селижарово-Торопец-Старица, а затем, прикрывая отход наших войск близ города Медное, сама едва вырвалась из окружения. Все это время Марк Лисянский успешно командовал сапёрным взводом.
В конце лета 1941 года Лисянский был контужен. После ранения снова вернулся в строй, но вскоре во время ночных занятий по боевой подготовке сапёров провалился в яму и сломал ногу. Его отправили в ярославский госпиталь на лечение, которое продлилось до ноября 1941 г. Дивизия к тому времени находилась на Калининском фронте, участвуя в битве за Москву. Марк Лисянский прибыл в 243-ю стрелковую, еще опираясь после ранения на костыль, когда дивизия вела бои уже под Калининым. Он вёз подарки земляков воинам дивизии. Поэт трясся на ящиках в кузове грузовика и, коченея под хлопающим на ветру брезентом, заносил в блокнот строчки рождающегося стихотворения «Моя Москва», которому впоследствии суждено было стать одной из любимых песен фронтовиков.
Вернувшись на фронт, Лисянский был назначен в дивизионную газету «В бой за Родину», редакция которой располагалась в Ржевском районе, в деревнях Леонтьево и Мешено, сначала штатным сотрудником, затем главным редактором (после перелома осталась сильная хромота, поэтому работать сапёром он больше не мог). Работая в дивизионной газете, он параллельно был специальным корреспондентом еще нескольких фронтовых изданий. Кроме этого по просьбе командования дивизии в том же, 1942-м году, он написал слова песни «Ярославская дивизия в бой за Родину идёт».
Недалеко от деревни Леонтьево, походная дивизионная типография выпустила сборник «Фронтовая весна», в которую вошли стихи, написанные поэтом на Калининском фронте. На обложке стояла дата: май 1942 года. В это тревожное время в дивизионной газете появилась и незамысловатая "Песенка о нашей почте", которую солдаты пели на разные мотивы.  « Какой здесь читатель! А слушатель! Урываю время - специально читать стихи, хожу в подразделения. Получил благодарность по дивизии и по армии. И главное - за стихи. Дело не в благодарностях. Выходит, нужен я здесь...», - писал Марк Лисянский своим товарищам в Ярославль.
В 1943 году в дивизии оказалась супруга Лисянского - Антонина Копорулина. Она была корректором газеты «В бой за Родину» и радисткой. 243-я стрелковая дивизия участвовала в Сталинградской и Курской битвах и в Никопольско-Криворожской операции.
Летом 1944 г. Лисянский вместе с женой были переведены в 43-ю армию, где он стал работать дежурным редактором газеты «Защитник Отечества». Вместе с 43-й армией они прошли Восточную Пруссию и Померанию, а окончание войны встретили под Данцигом. До конца 1946 г. Лисянские находились в Польше. В это время он работал в газете «Знамя победы» (город Легниц) специальным корреспондентом и ему довелось побывать в поверженном Берлине. Вскоре после окончания войны Марк Самойлович с супругой переехали жить в Москву. Неоднократно поэт приезжал в Ржев, встречался с жителями города и района.
За военные годы Лисянский стал кавалером орденов Красной Звезды (1943) и Отечественной войны II степени, был награждён медалью «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг» и медалью «За взятие Кёнигсберга». Его стихи военных лет вошли в сборники «Моя земля» (1942), «Фронтовая весна» (1942), «От имени Чёрного моря» (1947).
Позже Марк Самойлович Лисянский выпустил много поэтических сборников: «Друзьям и товарищам. Стихи» (1958), «Дивный город» (1965), «Такое время» (1968),  «Лучшие годы мои» (1971), «Города, города…» (1978), «Спасибо» (1981),  «Сигнальный огонь» (1983), «Навсегда. Стихи» (1987), «Преодоление. Стихи» (1988) и другие.  За творческую деятельность удостоен орденов Трудового Красного Знамени и Дружбы народов.
Скончался 30 августа 1993 года. Его похоронили на   Ваганьковском кладбище в Москве, а под окнами квартиры поэта (по ул. Черняховского, д. 4) установили мемориальную доску в память о нём. В 2004 г.  Антонина Фёдоровна, вдова Марка Самойловича,  издала его книгу  «Провинциальные рассказы».

Мы запомним полночь тяжкую,
Берег Западной Двины,
Как мы с боем шли в Ивашково
Сквозь крутой огонь войны.

Глохнет даль от дыма сизая.
То на запад - все вперед -
Ярославская дивизия
В бой за Родину идет.

Окрылено небо синее
Солнцем пламенной земли,
Мы над городом Калинином
Наше знамя вознесли…
1942

Товарищи, Волга пред нами,
Великая наша река.
Встань, мужество, над берегами,
Волна, раздвигай берега!
Немецкие орды в смятеньи.
Мы, силу врага одолев,
К старинным российским стенам
Пробились. Пред нами - Ржев!
Свинцовою хваткой и гневом
Сжимается огненный круг.
Кто бьется под городом Ржевом,
Тот в битву идет за Юг.
Встань, мужество, над берегами,
Бесстрашье, шагай напролом!
Непобедимое знамя
Над Ржевом мы вознесем.
Газета «Боевое знамя», 10 ноября 1942 года

                  ( Товарищам по 243-й стрелковой дивизии Калининского фронта)
Речка Западная Двина,
Мне твоя неизвестна длина,
Но известна твоя глубина
И знакома твоя ширина
Там, где встал из далекого сна
Город Западная Двина.

Шла Отечественная война.

Каждый шаг её,
Каждый шаг
По земле, простертой в огне,
Отдавался громом в ушах,
Отзывался стоном во мне.

До деревни одна верста,
Мы идем к деревне давно.
За речной полосой - высота
Под названием Ильино.

Мы идем.
Мы бежим.
Мы ползём.
А верста - словно сорок верст.
Чернозём - уже краснозём,
И горит перед нами мост.

А команда одна:
 - Вперед! -
И огонь нас в клещи берет,
И дивизия - вплавь и вброд,
И двинская вода как лед.
И вовсю матерится солдат,
Так, что пуля обходит мат...
Нас пронзает огонь и лед,
На войне это значит - ад.
А команда одна:
 - Вперед! -
А приказ:
 - Ни шагу назад!

Это трудно даже во сне,
Это страшно даже в кино.
На войне как на войне -
Мы дошли до тебя, Ильино!..
1970

Ветерки степные,
Мчитесь поскорей!
Шлите нам, родные,
Больше новостей!
Заказным, и срочным,
И простым письмом...
Мы про нашу почту
Песенку поём:
       Наша фронтовая,
       Наша боевая,
       Восемьсот восьмая
       Почта полевая!
Письмоносец быстрый
Знает наперёд,
Кто откуда письма
С нетерпеньем ждёт.
Здесь наш адрес точный,
Здесь наш стол и дом...
Мы про нашу почту
Песенку поём:
      Наша фронтовая,
      Наша боевая,
      Восемьсот восьмая
      Почта полевая!
  Газета «В бой за родину», 1942     

Лежал я под Ржевом, в окопе, на левом
Крутом берегу, возле волжской воды.
Твардовский писал: «Я убит подо Ржевом...»
Я рядом был с ним в час великой беды.

И вот я приехал весной в этот город
Из той незабытой военной весны,
Где был мой товарищ отважен и молод,
Где стыли руины под пеплом войны.

Земля ощетинилась в праведном гневе,
Когда же огонь беспощадный затих,
Осталось во Ржеве, осталось во Ржеве
Всего триста сорок сограждан моих.

Взрывается мина в зеленой лощине,
Где юным березам поют соловьи...
И здесь говорят: мы воюем доныне,
Березы растут, говорят, на крови.

Над берегом правым, над берегом левым
Сады, и проспекты, и новый завод.
Родился мальчишка, и в городе Ржеве
Теперь уже семьдесят тысяч живет.

Я был в городах и селеньях Европы,
Но только во Ржеве в то утро весны
Увидел траншеи, увидел окопы,
Еще не заросшие после войны.

На мраморе памятном надо бы высечь
Для тех, кто не помнит войны, и для нас:
В сраженьях за Ржев пало семьдесят тысяч,
И семьдесят тысяч живет в нем сейчас.
1978

Выхожу я из вагона
На калининский перрон
И в толпе в конце перрона
Сразу вижу: это он.
Вот и встретились мы снова
На земле, а не в раю.
Комиссара Жигунова
По осанке узнаю.
И по строгости степенной, -
В нём той строгости с лихвой, -
И по косточке военной,
И по выправке лихой.
Мне подумалось недаром
В то мгновение как раз:
Жаль, что нету комиссаров
В нашей армии сейчас.
Как бывало, подчинённый,
Я стою перед тобой,
Комиссар, огнем крещённый,
Нас не раз водивший в бой.
Пули, мины, бомбы - градом,
За ударом шёл удар.
Неизменно были рядом
Командир и комиссар.
Мчатся дни земного шара
На высоких скоростях...
Я в гостях у комиссара
И у города в гостях.
Вижу голову седую,
Вижу: он ещё не стар...
 Говорю - не рапортую:
 - С добрым утром, комиссар! -
Юный взгляд у военкома,
Юность - тоже ведь талант.
Улыбается знакомо:
 - С добрым утром, лейтенант!
Мы идём неторопливо,
Город встрече этой рад,
Улыбается счастливо
Всеми окнами подряд.
С боем мы сюда входили,
С боем брали каждый дом.
Город мы освободили...
Мы по городу идем.
В лад атаке сердце пело,
Вновь поёт со мной в ладу,
И сейчас в любое пекло
С комиссаром я пойду.
И такое сопричастье
Ощущаешь ко всему,
Что стучится сердце чаще,
Чем положено ему.
И бои, и расставанья,
И дороги - позади.
Впереди - воспоминанья,
Значит, снова мы в пути!
1970

Лисянский М. Избранные произведения: в 2 т. - Москва: Худож. лит., 1983.
Лисянский М. Почта полевая // Слово, которое вело в бой. - Киев, 1980. - С. 13-18.
Мухтаров Е. Песни нашей Победы. // Четыре года из тысячи: Ярославцы в Великой Отечественной войне. Альманах. Вып. 1. - Ярославль: Ярновости, 2010. - с. 23-76.
Васильев И. Вечер в школе // Васильев И. Путешествие с книгой в рюкзаке. - Москва, 1977. - С. 59-72.
Лунина Э.Н., Рязанцев Н.П. Письма с фронта (Неизвестные письма известных ярославцев) // XIII Золотаревские чтения: материалы научной конференции (26 октября 2010 г.).  - Рыбинск, 2010. - Т. 2. - С. 64-72.